建立全球加密监管框架面临诸多挑战，主要包括以下几个方面：
全球加密货币监管呈现高度碎片化态势，不同国家和地区根据自身金融体系特点、风险承受能力和政策目标制定了差异化的监管框架。例如，美国试图通过监管加密货币维持和延伸其金融霸权，欧盟则注重通过《加密资产市场监管法案》(MiCA)确立数字主权，保护用户数据和隐私权利，中国选择禁止私人加密货币，全力发展数字人民币，而许多发展中国家则关注加密货币的普惠金融潜力，试图利用其改善金融服务可得性。这种差异使得全球加密监管框架难以达成统一。
加密货币与区块链技术迭代速度极快，去中心化金融(DeFi)、去中心化自治组织(DAO)和新型稳定币等创新不断涌现。而国际规则制定通常需要经过多个环节，流程耗时良久，导致监管滞后成为常态。例如，金融稳定理事会(FSB)在2018年就开始研究加密资产对金融稳定的潜在影响，并于2020年针对全球稳定币安排提出了十条高级别监管建议，但仍难以跟上技术创新的步伐。
加密货币的跨境性质使得监管面临重大技术与法律障碍。在技术层面，不同央行数字货币(CBDC)系统之间的互操作性存在挑战，实现通用标准、建立技术链接或建设共同技术基础设施的投资和维护成本都很高。在法律层面，加密货币的去中心化特性与传统国际法的主权基础存在根本冲突，不同法域对加密货币的法律定性存在分歧，导致监管规则难以协调。例如，2024年的“The DAO分叉案”因无国际法源而中止，造成3600万美元损失。
加密货币市场中的大型交易所和稳定币发行商逐渐成为新权力主体，他们可能存在欺诈操作、权力滥用等问题，如全球交易量排名第三的交易所FTX突发倒闭，其创始人涉嫌实施大规模金融欺诈行为，给客户、投资者及债权人造成巨大损失。此外，稳定币发行商也存在抵押品虚增和市场操纵等问题，这都增加了全球加密监管框架建立的难度。
加密货币的去中心化和匿名性等特性使其逐渐成为洗钱、资本外逃等非法活动的重要工具。据研究估计，全球约有25%的比特币用户参与了非法活动，且每年约有760亿美元的非法活动涉及比特币。随着加密货币的市场规模和接受度进一步扩大，链上非法活动呈现出多样化和专业化态势，给全球加密监管带来了巨大挑战。